Ciertas enfermedades de transmisión sexual no tratadas, o STD, pueden disminuir la fertilidad tanto en hombres como en mujeres. Las enfermedades de transmisión sexual se transmiten por contacto sexual con una pareja infectada a través del sexo oral, anal o vaginal. Las ETS son más frecuentes en adolescentes y adultos jóvenes de 15 a 24 años.

La clamidia y la gonorrea son las ETS bacterianas más comunes. Los médicos a menudo los describen como infecciones "silenciosas" porque la mayoría de las personas diagnosticadas con clamidia o gonorrea no tienen ningún síntoma. Por esta razón, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades recomiendan pruebas anuales de detección de clamidia y gonorrea para todos los hombres y mujeres sexualmente activos de 25 años o menos. La clamidia y la gonorrea no tratadas pueden afectar negativamente la fertilidad de hombres y mujeres.

En las mujeres, la gonorrea y la clamidia pueden causar cervicitis, inflamación del cuello uterino o uretritis, inflamación de la uretra. La uretra drena líquido de la vejiga. Si los síntomas están presentes, pueden incluir flujo vaginal anormal, manchado vaginal y disuria, una sensación de ardor durante la micción. Si no se trata, de 10 a 15 por ciento de las infecciones por clamidia causarán una infección del tracto genital superior en el útero o las trompas de Falopio.

Una infección en el tracto genital superior se llama enfermedad inflamatoria pélvica o PID. La PID puede ser asintomática o sintomática. Cuando ocurren los síntomas, pueden incluir dolor pélvico, flujo vaginal anormal, sangrado vaginal, náuseas y fiebre. La PID es una afección particularmente grave porque puede dañar permanentemente el útero y las trompas de Falopio.

Cuando se liberan óvulos de los ovarios, viajan a través de las trompas de Falopio antes de ser fertilizados por el esperma e implantados en el útero. La cicatrización de las trompas de Falopio causada por las enfermedades de transmisión sexual puede evitar que el óvulo y el esperma se encuentren, inhibiendo así la fertilización. La cicatrización también aumenta el riesgo de un embarazo ectópico, un embarazo dentro de las trompas de Falopio. Un embarazo ectópico puede resultar si la cicatrización en la trompa de Falopio evita que un óvulo fertilizado ingrese al útero. Un embarazo ectópico es potencialmente mortal porque puede romper la trompa de Falopio. Sin una cirugía de emergencia, una mujer morirá rápidamente por sangrado interno.

La gonorrea y la clamidia también causan uretritis en los hombres, la mayoría de los cuales tampoco presentan síntomas. Cuando se presentan los síntomas, pueden incluir disuria, dolor o enrojecimiento alrededor de la abertura del pene, o secreción espontánea del pene. Si no se trata, la infección puede propagar el tracto genital y causar epididimitis, que es la inflamación del epidídimo. El epidídimo es una estructura que se conecta a los testículos a través de conductos. Los espermatozoides producidos en los testículos viajan al epidídimo donde maduran.

La epididimitis aguda causa enrojecimiento, calor e hinchazón del escroto y los testículos, generalmente en un lado. Las infecciones recurrentes o no tratadas pueden causar epididimitis crónica, que puede causar infertilidad al dañar la movilidad, la función y el conteo de espermatozoides.