Tipos AutoDock Atom

AutoDock es una plataforma educativa que utiliza átomos conocidos y una interfaz de red en combinación con aplicaciones de unión para predecir la tasa de unión de la mayoría de las moléculas pequeñas. Esto permite a los estudiantes estudiar virtualmente molécula de unión sin necesidad de costosos tiempo de laboratorio y capacitación . Elementos

AutoDock soporta los elementos básicos : H , C, N , O, F , Mg , P, S , Cl , Ca , Mn, Fe , Zn , Br y I. Estos han sido parametrizada dentro del programa para que reconozca sus características físicas, los atributos y las reacciones a otros elementos. Estos elementos básicos se pueden utilizar para formar una molécula y se prueban con una aplicación de unión o disolvente . Por ejemplo , un estudiante podría indicar dos moléculas de hidrógeno a una molécula de oxígeno , H2O y sería capaz de probar esta molécula de agua en contra de su tasa de unión .
Encuadernación

AutoDock es compatible con una variedad de unión o acoplamiento de los productos químicos y los elementos , el nombre y la etiqueta o del elemento de acoplamiento deben ser escritos en la interfaz de usuario para buscar y seleccionar el elemento adecuado. AutoDock proporciona un sistema de herramientas diseñadas para ayudar a la vista , controlar y agilizar el proceso de unión. Estos incluyen la cristalografía de rayos X , el diseño de fármacos basado en estructura, optimización de plomo , el cribado virtual ( HTS ) , el diseño de la biblioteca combinatoria , acoplamiento proteína-proteína y estudios de los mecanismos químicos . Esto permite a un estudiante para trabajar con los elementos y para unirlas bajo una variedad de condiciones para que los mejores y más precisos resultados de las pruebas pueden ser alcanzados.
Cuadrícula y mapa de

rejilla de AutoDock o Red Map se utiliza para vincular y elementos match con aglutinantes , para ello , el estudiante debe ingresar el nombre químico del elemento en formato de una sola letra para localizarlo en la red. Elementos de la parrilla ya se han estudiado y probado y sus perímetros ya se han definido . Esto permite que un estudiante sólo tiene que seleccionar un átomo y ligante sin tener que introducir los detalles. Por tanto, el AutoDock Red Map permite a un estudiante para aprender acerca de las propiedades y los perímetros del átomo mientras prueba su velocidad de unión .
Agregar elementos

Si un estudiante tiene un elemento que aún no ha entrado en el sistema del AutoDock , pueden entrar en ella utilizando el archivo de perímetro pre- existente de AutoDock con la información detallada exacta sobre el átomo en cuestión. Esto debería ser subido a AutoDock y calibrado , recalibrado para la exactitud antes de ser probado . Sin embargo , cabe señalar que la adición de un elemento requiere un conocimiento profundo de cómo el elemento actuará y reaccionará durante el proceso de unión , así como con otros átomos.