Inseminación Artificial, como se indica en Comhaire y Mamoud (2003), se ha asociado con varios efectos secundarios peligrosos, tales como anomalías congénitas, problemas de desarrollo y de retinoblastoma en el niño. Aparte de estas cuestiones algunas parejas experimentan problemas emocionales en el trato con el estigma social vinculado a la inseminación no coital. Defectos de Nacimiento

En un estudio que analizó las tasas de defectos de nacimiento entre los niños concebidos de forma natural y aquellos concebidos aunque medios artificiales, Hansen et al (2002) encontraron que los niños concebidos a través de los últimos medios se encontraban en riesgo mucho más alto . Por ejemplo, los bebés concebidos por inseminación artificial tenían una probabilidad 8.6% de tener un defecto de nacimiento en comparación con el 4,2% de los bebés concebidos naturalmente.
Más probable defectos

de la siete tipos de defectos que los investigadores exhibirán en su estudio, sólo dos alcanzaron significación de ser más frecuente en los nacimientos de inseminación artificial. Estos fueron cardiovasculares, en el 1,3%, y del aparato locomotor, en el 3,3%. En los bebés concebidos naturalmente, éstos estaban en 0,6% y 1,1%, respectivamente.Las investigadores afirmaron que algunas de las posibles causas de la alta tasa de defectos podrían existir con relación a la avanzada edad de las parejas infértiles, la causa subyacente de la infertilidad y los medicamentos prescritos durante el proceso de inseminación.
Nacimientos Múltiples

En otro estudio que examinó los posibles defectos relacionados con la concepción asistida, Wennerholm et al (2000) encontró que la mayoría de los casos de anomalías no podía ser correlacionada directamente con la práctica de la inseminación artificial sola. En su lugar, estos casos estaban relacionados con los que normalmente están relacionados con la prematuridad y partos múltiples, concebidos a través de medios no coitales o coital. Hay que tener en cuenta, sin embargo, que tanto la prematuridad y partos múltiples son más comunes en los casos de concepción asistida.
Efectos neurológicos

En una investigación que examinó los niños concebido a través de fertilización in vitro, en términos de salud mental después del parto, Stromberg et al (2002) observaron que los casos de parálisis cerebral fueron más frecuentes en los casos de baja edad de gestación, nacimientos múltiples y el bajo peso al nacer como resultado de la concepción asistida. Para nacimientos simples, no hubo efectos significativos observados.
Psychological Toll

Otro efecto secundario de la inseminación artificial es de naturaleza psicológica. Psicoanalista clínico Annie Reed Henderson (2008) dice que el estrés emocional que experimentan las parejas durante los procedimientos de fertilización asistida puede provocar graves consecuencias para la relación. En los casos de inseminación artificial de un donante, sólo la pareja femenina puede reclamar una asociación biológica con el niño, dejando el progenitor masculino para aprender cómo lidiar psicológicamente con esta realidad. Henderson afirma que la mayoría de los traumas emocionales inducidos por los procedimientos de fertilización a veces largo y dilatado podría ser mitigada por asesoramiento psicológico profesional.