electroforesis en gel es un proceso para cepas separadas de ADN empujándolo a través de un gel colocado en una mesa calentada (y cubierta). La porosidad del gel hace que los fragmentos más grandes de separar primero mientras que los fragmentos más pequeños continúan a través del gel. Desde su primera utilización experimental en la década de 1930, electroforesis en gel ha sido refinada a través de la utilización de diferentes tipos de gel. A partir de sacarosa y luego geles de almidón, la separación del ADN en la electroforesis en gran medida incrementado con el uso moderno de agarosa y geles de acrylaminde. Con el desarrollo de la electroforesis capilar, ciertas ventajas y desventajas se han convertido en claro para ambos métodos. En gel de agarosa

en gel de agarosa se vierte fácilmente para su uso y las muestras se puede recuperar fácilmente. El gel es también altamente modificable para aumentar la separación entre las moléculas de ADN grandes y pequeñas. Puesto que se hace a partir de un azúcar presente en las algas marinas, la agarosa es más barato que las alternativas y un producto de gel de más seguro para su uso en electroforesis.
Gel de acrilamida

igual de agarosa, acrilamida es fácil de modificar. Con una mayor capacidad de carga, puede ejecutar más muestras al mismo. Su principal ventaja sobre agarosa es que la acrilamida tiene poros más pequeños, por lo que es más adecuado para la separación de moléculas de ADN más pequeños que el gel de agarosa no sería capaz de separar. Sin embargo, la propagación es un problema mayor para la acrilamida, y, como la acrilamida es una neurotoxina, puede ser muy peligroso para trabajar.
Electroforesis Capilar

Como el calor se disipa rápidamente en el polímero, la electroforesis capilar toma menos tiempo que los geles; minutos en comparación con las horas. Además, ya que los resultados son monitoreados electrónicamente todo el proceso puede ser automatizado. Sin embargo, la electroforesis capilar no se puede ejecutar tantas muestras al mismo tiempo en forma de geles, y las máquinas (con un precio de más de $ 100.000 por unidad) y reactivos de costos sustancialmente más que el método de gel de separación, por lo que la mayoría de los laboratorios no tienen acceso a la tecnología.