Los orígenes de la malaria no están del todo claros, pero se cree que se originó en el África subsahariana. Se han encontrado pruebas de parásitos de la malaria en mosquitos fosilizados que datan de la época del Mioceno, hace unos 20 millones de años. Estos fósiles fueron descubiertos en la República Dominicana y sugieren que la malaria pudo haber estado presente en América antes de la llegada de los humanos. Sin embargo, el origen geográfico exacto de la malaria sigue siendo incierto.