La enzima presente en el estómago que ayuda en la digestión de las proteínas se llama pepsina. La pepsina se secreta en forma de pepsinógeno, que es inactivo y luego se activa en el ambiente ácido del estómago mediante el ácido clorhídrico. La pepsina funciona mejor en condiciones ácidas y descompone las proteínas en fragmentos de péptidos más pequeños, preparándolas para una mayor digestión por parte de otras enzimas en el intestino delgado.