¿Cómo se relacionan el VIH y el VIH?

Estas técnicas miden la frecuencia de las interacciones físicas entre diferentes regiones del genoma, lo que proporciona información sobre la estructura de la cromatina de orden superior y las interacciones reguladoras de largo alcance. A continuación se muestran algunas técnicas Hi-C y relacionadas comúnmente utilizadas:

1. Hi-C (captura de conformación de cromatina de alto rendimiento):

Esta es la técnica Hi-C original y más utilizada. Implica reticular segmentos de cromatina que interactúan, fragmentar el ADN y luego ligar los fragmentos de ADN. Luego se secuencian los fragmentos ligados y los datos resultantes se utilizan para generar un mapa de interacción de todo el genoma.

2. 5C (Captura de conformación cromosómica circular):

Esta técnica es similar a Hi-C pero utiliza un método de preparación de biblioteca diferente que da como resultado fragmentos de ADN circularizados. La circularización permite una captura más eficiente de interacciones de largo alcance y puede proporcionar datos de mayor resolución en determinadas regiones del genoma.

3. ChIA-PET (análisis de interacción de cromatina mediante secuenciación de etiquetas de extremos pares):

Esta técnica combina la inmunoprecipitación de cromatina ChIP con Hi-C para identificar las interacciones de largo alcance asociadas con proteínas específicas o modificaciones de histonas. Puede utilizarse para mapear las interacciones de factores de transcripción específicos u otras proteínas reguladoras con sus genes diana.

4. PLAC-seq (secuenciación de cromatina asistida por ligadura de proximidad):

Esta técnica utiliza ligadura de proximidad para capturar fragmentos de ADN que interactúan antes de la secuenciación. Permite la detección de interacciones con una resolución más alta en comparación con los métodos tradicionales Hi-C y puede proporcionar información sobre la orientación de las secuencias que interactúan.

5. Capture Hi-C:

Esta técnica emplea sondas de ARN biotinilado para enriquecer las interacciones entre regiones genómicas específicas de interés. Al diseñar sondas que se dirigen a loci específicos, Capture Hi-C permite el análisis dirigido de interacciones genómicas de una manera específica de la región.

Cada una de estas técnicas proporciona información valiosa sobre la organización tridimensional del genoma y ha contribuido a nuestra comprensión de la regulación genética, la dinámica de la cromatina y la arquitectura nuclear. La elección de la técnica a menudo depende de la pregunta de investigación específica y del nivel deseado de resolución y mapeabilidad.