El cloruro de benzalconio es un compuesto de amonio cuaternario, lo que significa que tiene un átomo de nitrógeno con cuatro grupos alquilo unidos. Es un tensioactivo catiónico, lo que significa que tiene carga positiva. El cloruro de benzalconio es una base débil, con un pKa de aproximadamente 12. Esto significa que puede donar un protón a una base más fuerte, pero no puede aceptar un protón de un ácido más débil.