La historia de la encefalitis se remonta a la antigüedad. Hay descripciones de enfermedades similares a la encefalitis en los escritos de Hipócrates (460-377 a. C.) y Galeno (129-216 d. C.). Sin embargo, no fue hasta el siglo XIX que la encefalitis fue reconocida como una entidad clínica distinta. El primer brote importante de encefalitis se produjo en Estados Unidos en 1918, durante la pandemia de gripe española. Este brote fue causado por el virus de la influenza y provocó la muerte de más de 500.000 personas. En los años siguientes, se informaron otros brotes de encefalitis en todo el mundo y quedó claro que la encefalitis podía ser causada por una variedad de virus, bacterias y otros agentes infecciosos diferentes.