electroforesis en gel es un proceso para separar cepas de ADN empujándolo a través de un gel colocado en una mesa calentada ( y cubierta ) . La porosidad del gel hace que los fragmentos más grandes para separar las primera , mientras que fragmentos más pequeños continúan a través del gel . Desde su primera utilización experimental en la década de 1930 , electroforesis en gel ha sido refinada a través de la utilización de diferentes tipos de gel. A partir de sacarosa y luego geles de almidón , la separación del ADN en la electroforesis aumentó en gran medida con el uso moderno de agarosa y geles acrylaminde . Con el desarrollo de la electroforesis capilar , ciertas ventajas y desventajas han quedado claro para ambos métodos . En gel de agarosa

gel de agarosa se vierte fácilmente para el uso y las muestras se puede recuperar fácilmente . El gel también es altamente modificable para aumentar la separación entre las moléculas de ADN grandes y pequeñas . Puesto que se hace de un azúcar presente en las algas marinas , la agarosa es más barato que las alternativas y un producto de gel más seguro para su uso en electroforesis .
Gel de acrilamida

igual de agarosa , acrilamida es fácil de modificar . Con una mayor capacidad de carga , puede ejecutar más muestras al mismo . Es principal ventaja sobre agarosa es que la acrilamida tiene poros más pequeños , por lo que es más adecuado para la separación de moléculas de ADN más pequeños que el gel de agarosa no sería capaz de separar . Sin embargo, la formación de burbujas es un problema mayor para la acrilamida, y , dado que la acrilamida es una neurotoxina , puede ser muy peligroso para trabajar.
Electroforesis capilar

Debido a que el calor se disipa rápidamente en el polímero , electroforesis capilar toma menos tiempo que los geles ; minutos en comparación con las horas . Además , ya que los resultados se controlan electrónicamente todo el proceso se puede automatizar . Sin embargo , la electroforesis capilar no se puede ejecutar la mayor cantidad de muestras a la vez en forma de geles , y las máquinas ( a un precio de más de $ 100,000 por unidad ) y reactivos costar bastante más que el método de gel de separación , por lo que la mayoría de los laboratorios no tienen acceso a la tecnología.