Los productos finales de la digestión de proteínas son los aminoácidos. Las proteínas son moléculas grandes formadas por cadenas de aminoácidos. Durante la digestión, estas proteínas se descomponen en péptidos cada vez más pequeños mediante enzimas como la pepsina, la tripsina y la quimotripsina. Estos péptidos luego se descomponen en aminoácidos individuales mediante enzimas como las carboxipeptidasas y aminopeptidasas. Estos aminoácidos luego se absorben en el torrente sanguíneo y pueden usarse para sintetizar nuevas proteínas u otras moléculas, o pueden descomponerse aún más para producir energía.