La pepsina que ingresa al intestino delgado es inactivada por el pH alcalino del intestino delgado. La pepsina es una proteasa ácida que funciona de manera óptima en el ambiente ácido del estómago. Cuando ingresa al intestino delgado, que tiene un pH cercano a 8, pierde su actividad y ya no es capaz de descomponer las proteínas. El páncreas también secreta iones de bicarbonato en el intestino delgado, lo que ayuda aún más a neutralizar el quimo ácido y crear un ambiente más adecuado para otras enzimas digestivas, como las proteasas y lipasas pancreáticas.