¿Qué métodos se pueden utilizar para estudiar las interacciones proteína-proteína?
1. Co-inmunoprecipitación (Co-IP) :Co-IP es una técnica ampliamente utilizada para estudiar las interacciones proteína-proteína. Implica la inmunoprecipitación de una proteína (proteína cebo) a partir de un lisado celular utilizando un anticuerpo específico para la proteína cebo. Luego se analiza el complejo proteico inmunoprecipitado para identificar otras proteínas (proteínas presa) que interactúan con la proteína del cebo. A Co-IP se le pueden seguir varios métodos de análisis posteriores, como la transferencia Western, la espectrometría de masas o la tinción por inmunofluorescencia.
2. Ensayos desplegables :Los ensayos desplegables se basan en el principio de la cromatografía de afinidad. Una proteína cebo se inmoviliza sobre un soporte sólido (como perlas magnéticas o resina de agarosa) mediante unión covalente o fusión con una etiqueta (por ejemplo, GST o etiqueta His). Luego se incuba el lisado celular o la mezcla de proteínas purificadas con la proteína cebo inmovilizada. Después del lavado para eliminar las proteínas no unidas, las proteínas que interactúan (proteínas presa) se eluyen y analizan.
3. Transferencia de energía por resonancia de fluorescencia (FRET) :FRET es una técnica que mide la transferencia de energía entre dos fluoróforos estrechamente espaciados (donante y aceptor). Cuando los fluoróforos donante y aceptor están muy próximos (normalmente entre 10 y 100 Å), la excitación del fluoróforo donante da como resultado la emisión de luz por parte del fluoróforo aceptor. Esta transferencia de energía se puede cuantificar y utilizar para controlar las interacciones proteína-proteína. FRET se puede implementar de varias maneras, incluido el etiquetado de proteínas con fluoróforos específicos o el uso de proteínas fluorescentes codificadas genéticamente (p. ej., GFP y RFP).
4. Análisis de interacciones biomoleculares (BIA) :BIA, también conocida como resonancia de plasmón superficial (SPR), es una técnica sin etiquetas que mide los cambios en el índice de refracción en la interfaz de un portaobjetos de vidrio y un líquido que fluye. Una de las proteínas que interactúan se inmoviliza en la superficie del vidrio y la otra proteína pasa sobre la superficie. La interacción entre las proteínas provoca cambios en el índice de refracción, que pueden detectarse y cuantificarse. BIA puede proporcionar información sobre la afinidad de unión y la cinética de las interacciones proteína-proteína.
5. Calorimetría de titulación isotérmica (ITC) :ITC es una técnica que mide el cambio de calor asociado con la interacción entre dos moléculas. Cuando las proteínas interactúan, el calor se libera (exotérmico) o se absorbe (endotérmico). ITC puede cuantificar la afinidad de unión (Kd) y los parámetros termodinámicos, como el cambio de entalpía (ΔH) y el cambio de entropía (ΔS), de las interacciones proteína-proteína.
6. Matrices de interacción de proteínas :Las matrices de interacción de proteínas implican la detección de alto rendimiento de interacciones proteína-proteína en un formato de micromatriz. Miles de proteínas o péptidos diferentes se inmovilizan sobre una superficie sólida y la unión de una proteína específica de interés se detecta mediante anticuerpos marcados u otros métodos de detección. Esta técnica permite un análisis rápido y a gran escala de las interacciones proteína-proteína.
7. Ensayo de dos híbridos de levadura (Y2H) :El ensayo Y2H es un método genético utilizado para identificar interacciones proteína-proteína en células de levadura. Implica fusionar las secuencias codificantes de dos proteínas con dos dominios diferentes de un factor de transcripción. Si las dos proteínas interactúan, el factor de transcripción se reconstituye, lo que da lugar a la expresión de un gen informador. Las interacciones positivas se identifican en función del crecimiento de células de levadura en medios selectivos o ensayos colorimétricos.
La elección del método para estudiar las interacciones proteína-proteína depende de las proteínas específicas de interés, la disponibilidad de reactivos y equipos y el nivel de información deseado. También se pueden emplear combinaciones de estas técnicas para obtener información completa sobre las interacciones proteína-proteína.