¿Cómo digiere la tripsina las proteínas?
Unión:la tripsina se une a la superficie del sustrato proteico a través de interacciones específicas entre su sitio activo y los residuos de aminoácidos que rodean el sitio de escisión. Esta unión induce cambios conformacionales que facilitan la reacción catalítica.
Catálisis:el sitio activo de la tripsina contiene una tríada catalítica que consta de tres residuos de aminoácidos:histidina, ácido aspártico y serina. Estos residuos trabajan juntos para facilitar la hidrólisis (escisión) del enlace peptídico.
Histidina:La histidina actúa como donante de protones, transfiriendo un ion hidrógeno (H+) al oxígeno carbonilo del enlace peptídico escindible. Esta protonación debilita el enlace, haciéndolo más susceptible al ataque nucleofílico.
Ácido aspártico:el ácido aspártico funciona como una base general, extrayendo un protón del grupo hidroxilo del residuo de serina. Esta desprotonación genera un grupo hidroxilo de serina altamente reactivo, que actúa como nucleófilo en la reacción.
Serina:el grupo hidroxilo de serina activado ataca el carbono carbonilo del enlace peptídico escindible, formando un intermedio tetraédrico. Posteriormente, este intermediario colapsa, lo que provoca la escisión del enlace peptídico y la liberación de dos fragmentos peptídicos.
Especificidad:La tripsina exhibe especificidad en su patrón de escisión debido a la presencia de una cadena lateral voluminosa en su bolsillo de unión al sustrato. Esta voluminosa cadena lateral impide la unión de aminoácidos con cadenas laterales grandes (como la prolina) junto al sitio de escisión. Como resultado, la tripsina escinde preferentemente enlaces peptídicos seguidos de residuos de lisina o arginina, excepto cuando van seguidos de prolina.
Al escindir selectivamente enlaces peptídicos específicos, la tripsina genera un conjunto de fragmentos peptídicos más pequeños que pueden analizarse o separarse más a fondo para diversos fines, como la identificación, secuenciación y caracterización de proteínas.